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1.晴天污水截流
在暗渠或下游污水管网低水位条件下，晴天排水闸关闭，暗渠或管道污水通过合流制管道入截污井，自流至下游污水管道，下游管道水位较高时，通过井筒内的水泵根据井筒内水位自动启动并提升污水至处理设施 ，或提升至下游污水管，且可以防止河水倒灌，实现污水压力截流。
2.初雨限流
初雨时排水闸根据井内外水位调整开度，此时自动截污装置浮筒在浮力的作用下带动浮筒阀闸板逐步关闭截污管口，初期雨水也经由装置开口流向污水管网。截污闸根据水质及水位调整开度限流。
3.雨季直排
随着降雨增加， 井内水位上升、水质浓度降低，到预设水位时，排水闸开始根据水位调整开度，向下打开，使上层污染较小水体溢出，同时截污闸逐渐减少开度截流量，降雨量达到一定值时 ，排水闸可以完全打开并关闭截污闸 ，雨水流入自然水体，从而实现雨水直排。
4.雨前排空
根据天气信息，在降雨前期，关闭截污闸启动潜污泵，动力提升排出污水，大限度减少合流管网中的污水，增加管网自身的调蓄空间，做到晴天时污水零直排。降雨开始，根据井内水质和井内外水位，控制水泵的启停和排水闸的开度。
5.降雨结束
随着现状合流管内水位下降，浮球感应信号，带动太阳能自控截污装置闸板逐步开启，并恢复到初始状态。
智能雨污分流井的出现可以有效地解决近些年来很多城市排水系统中存在的合流还有污水溢流直排等问题，就长远来说，对我国的经济和环境有很好的的效益。与此同时，雨污分流改造工程也是一项难度很高的工程，要求对目前的排水系统有详细的了解。使用智能雨污分流井，也需观察实际情况，结合本地的水土条件和排水区域的具体受污染情况，选择合理的雨污改造方式及设备。